მორწყვა ბონსაის მცენარეების მართვის ერთ-ერთი მთავარი ამოცანაა. მორწყვა მარტივი ჩანს, მაგრამ მისი სწორად მორწყვა ადვილი არ არის. მორწყვა უნდა განხორციელდეს მცენარის სახეობის, სეზონური ცვლილებების, ზრდის პერიოდის, ყვავილობის პერიოდის, მოსვენების პერიოდისა და მცენარის ამინდის პირობების მიხედვით. მორწყვის დროისა და რაოდენობის დაუფლება ძალზე მნიშვნელოვანია მცენარეების ზრდისთვის. ზოგიერთი ბონსაის მცენარის სიკვდილი პირდაპირ კავშირშია არასწორ მორწყვასთან.

გარდა იმისა, რომ ქოთნის ნიადაგი აწვდის წყალს და საკვებ ნივთიერებებს ქოთნის მცენარეებს, ასევე ინარჩუნებს მცენარეების ჰაერის ნორმალურ სუნთქვას. როდესაც ქოთნის მიწას აქვს საკმარისი ტენიანობა, ნიადაგის ნაწილაკები ფართოვდება, ნაწილაკებს შორის არსებული უფსკრულიდან ჰაერს იწურავს, რაც იწვევს ქოთნის ნიადაგში ჰაერის ნაკლებობას; როდესაც ქოთნის ნიადაგი მშრალი ან შედარებით მშრალია, ნიადაგის ნაწილაკები მცირდება, მოცულობა მცირდება და ნაწილაკებს შორის უფსკრული კვლავ ჩნდება. ხარვეზები ივსება ჰაერით.

როდესაც ნიადაგი იცვლება მშრალსა და სველს შორის, ქოთნის ნიადაგში ჰაერი ასევე მუდმივად ცირკულირებს, რაც მცენარის ფესვებს ნორმალურად სუნთქვის საშუალებას აძლევს. ყოველი მორწყვის შემდეგ მცენარის ფესვები მოკლე დროში მოითმენს ქოთნის ნიადაგში ჟანგბადის ნაკლებობას. თუმცა, თუ ქოთნის ნიადაგი დიდი ხნის განმავლობაში ძალიან სველია, რაც იწვევს ჟანგბადის ხანგრძლივ ნაკლებობას, ეს გამოიწვევს ფესვების ეროზიას და სხვა დაავადებებს; თუ ნიადაგი დიდი ხნის განმავლობაში მშრალია, თუმცა ქოთნის ნიადაგში საკმარისი ჟანგბადია, მცენარეები დიდხანს ვერ შთანთქავენ წყალს, რაც ასევე საზიანოა მცენარეთა ზრდისთვის და შესაძლოა მათი სიკვდილიც კი გამოიწვიოს. ამიტომ ბონსაის მცენარეების მორწყვისას უნდა დაიცვან პრინციპი „არ მორწყოთ ისინი გაშრობისას, მორწყეთ საფუძვლიანად“.

მცენარეების არასაკმარისი მორწყვა და გაუწყლოება გამოიწვევს ყლორტების გაფუჭებას და დაცვენას, ფოთლების გახმობას, გაყვითლებას და ცვენას. წიწვოვანი ჯიშების შემთხვევაში, ნემსები გახდება რბილი და დაკარგავს თავის ძლიერ და ჩხვლეტას. როდესაც წყლის დეფიციტი მძიმეა, ტოტების ქერქი იკუმშება როგორც ბატი. თუ ზაფხულში ეს მდგომარეობა შეგხვდებათ, მცენარე დაუყოვნებლივ უნდა გადაიტანოთ დაჩრდილულ ადგილას. ტემპერატურის დაცემის შემდეგ ფოთლებს ჯერ წყალი შეასხურეთ, შემდეგ ქვაბში ჩაასხით ცოტა წყალი და ერთი საათის შემდეგ კარგად დაასხით წყალი.

ძლიერ გამომშრალი მცენარეებისთვის, დარწმუნდით, რომ ერთდროულად არ მორწყავთ საკმარისი რაოდენობით, რადგან მცენარის ძლიერ დეჰიდრატაციისას ფესვის ქერქი შეკუმშულია და ახლოსაა ქსილემასთან. თუ მოულოდნელად დიდი რაოდენობით წყალი მიეწოდება, ფესვთა სისტემა გაფართოვდება წყლის სწრაფი შეწოვის გამო, რაც იწვევს ქერქის გახეთქვას, რაც იწვევს მცენარის სიკვდილს, ამიტომ საჭიროა თანდათანობითი ადაპტაციის პროცესი. მას შემდეგ, რაც მცენარეები, რომლებსაც წყალი სერიოზულად აკლიათ, გაივლიან ზემოაღნიშნულ დამუშავებას, ჯობია რამდენიმე დღის განმავლობაში შეინახოთ ისინი ჩრდილში, შემდეგ კი გამაგრების შემდეგ მზეზე გააშენოთ. თუმცა, ზედმეტად ნუ მორწყავთ. გარდა იმისა, რომ ჭარბი მორწყვა იწვევს მცენარის ციცაბო ზრდას, გავლენას ახდენს ხის ფორმასა და ორნამენტულ ღირებულებაზე, ჭარბი მორწყვა ასევე ადვილად იწვევს ფესვების ლპობას და სიკვდილს. მინიატურული ბონსაის ქოთნები ნაკლებ ნიადაგს მოითხოვს, ამიტომ განსაკუთრებით მნიშვნელოვანია მათი მორწყვა საჭირო დროს და საჭირო რაოდენობით.