მორწყვა ბონსაის მცენარეების მართვის ერთ-ერთი მთავარი ამოცანაა. მორწყვა მარტივი ჩანს, მაგრამ მისი სწორად მორწყვა ადვილი არ არის. მორწყვა უნდა მოხდეს მცენარის სახეობის, სეზონური ცვლილებების, ზრდის პერიოდის, ყვავილობის პერიოდის, მიძინების პერიოდისა და მცენარის ამინდის პირობების მიხედვით. მორწყვის დროისა და რაოდენობის დაუფლება ძალიან მნიშვნელოვანია მცენარეების ზრდისთვის. ზოგიერთი ბონსაის მცენარის სიკვდილი პირდაპირ კავშირშია არასწორ მორწყვასთან.

ქოთნის მცენარეებისთვის წყლისა და საკვები ნივთიერებების მიწოდების გარდა, ქოთნის მიწა ასევე უზრუნველყოფს მცენარეების ნორმალურ სუნთქვას ჰაერით. როდესაც ქოთნის მიწას საკმარისი ტენიანობა აქვს, ნიადაგის ნაწილაკები ფართოვდება, ნაწილაკებს შორის არსებულ ნაპრალებში ჰაერს გამოდევნის, რაც იწვევს ქოთნის მიწაში ჰაერის ნაკლებობას; როდესაც ქოთნის მიწა მშრალი ან შედარებით მშრალია, ნიადაგის ნაწილაკები იკუმშება, მოცულობა მცირდება და ნაწილაკებს შორის ნაპრალები კვლავ ჩნდება. ნაპრალები ჰაერით ივსება.

როდესაც ნიადაგი მშრალსა და სველს შორის იცვლება, ქოთნის მიწაში ჰაერიც განუწყვეტლივ ცირკულირებს, რაც მცენარის ფესვებს ნორმალურად სუნთქვის საშუალებას აძლევს. ყოველი მორწყვის შემდეგ მცენარის ფესვები მოკლე დროში შეძლებენ ქოთნის მიწაში ჟანგბადის ნაკლებობის ატანას. თუმცა, თუ ქოთნის მიწა დიდი ხნის განმავლობაში ძალიან სველია, რაც ჟანგბადის ხანგრძლივ ნაკლებობას იწვევს, ეს გამოიწვევს ფესვების ეროზიას და სხვა დაავადებებს; თუ ნიადაგი დიდი ხნის განმავლობაში მშრალია, მიუხედავად იმისა, რომ ქოთნის მიწაში საკმარისი ჟანგბადია, მცენარეები დიდი ხნის განმავლობაში ვერ შეიწოვენ წყალს, რაც ასევე საზიანოა მცენარეების ზრდისთვის და შეიძლება მათი სიკვდილიც კი გამოიწვიოს. ამიტომ, ბონსაის მცენარეების მორწყვისას უნდა დაიცვათ პრინციპი „არ მორწყათ ისინი მშრალი, უხვად მორწყეთ“.

მცენარეების არასაკმარისი მორწყვა და გაუწყლოება გამოიწვევს ტოტების ჭკნობას და დაცვენას, ფოთლების გახმობას, გაყვითლებას და ცვენას. წიწვოვანი სახეობების შემთხვევაში, წიწვები დარბილდება და კარგავს ძლიერ და ეკლიან შეგრძნებას. წყლის ძლიერი უკმარისობისას, ტოტების ქერქი ბატის ბუსუსებივით იკუმშება. თუ ზაფხულში ამ სიტუაციას წააწყდებით, მცენარე დაუყოვნებლივ უნდა გადაიტანოთ ჩრდილში. ტემპერატურის დაცემის შემდეგ, ჯერ ფოთლებზე შეასხურეთ წყალი, შემდეგ ქოთანში ცოტა წყალი ჩაასხით და ერთი საათის შემდეგ კარგად გადაასხით.

ძლიერ გამომშრალი მცენარეებისთვის, დარწმუნდით, რომ ერთ ჯერზე საკმარისად არ მორწყავთ, რადგან როდესაც მცენარე ძლიერ გამომშრალია, ფესვის ქერქი შეკუმშულია და ქსილემასთან ახლოსაა. თუ მოულოდნელად დიდი რაოდენობით წყალი მიეწოდება, წყლის სწრაფი შეწოვის გამო ფესვთა სისტემა გაფართოვდება, რაც ქერქის გახეთქვას გამოიწვევს, რაც მცენარის სიკვდილს გამოიწვევს, ამიტომ საჭიროა თანდათანობითი ადაპტაციის პროცესი. მას შემდეგ, რაც მცენარეები, რომლებსაც წყლის სერიოზული დეფიციტი აქვთ, ზემოაღნიშნულ დამუშავებას გაივლიან, უმჯობესია ისინი რამდენიმე დღის განმავლობაში ჩრდილში შეინახოთ, შემდეგ კი, როცა გაძლიერდებიან, მზეზე გააშენოთ. თუმცა, ჭარბად არ მორწყათ. გარდა იმისა, რომ მცენარეები ციცაბოდ იზრდება, რაც ხის ფორმასა და დეკორატიულ ღირებულებაზე მოქმედებს, ჭარბმა მორწყვამ ასევე შეიძლება ადვილად გამოიწვიოს ფესვების ლპობა და სიკვდილი. მინიატურული ბონსაის ქოთნები ნაკლებ ნიადაგს მოითხოვს, ამიტომ განსაკუთრებით მნიშვნელოვანია მათი მორწყვა სწორ დროს და სწორი რაოდენობით.